格鲁派的寺院组织严密，制度完善，规定各寺必须由现金名以上执事僧议决各项事宜，任何个人不得专断寺政。
札什伦布寺设有三级组织。最基层的一级为弥村，较大的弥村也称康村，是按僧人家乡的地域划分的。第一弥村约有１００名僧侣，由其中资历最老者任长老并设执事委员会，管理一般事务。
右干弥村组成一个扎仓，各扎仓有自己的佛殿、僧侣和辖属的土地、牧场、房产，具有一定的独立笥。扎仓有显密之分，札寺的铁桑林、夏尔孜和吉康是研习显宗经典的扎仓，阿巴扎仓是密宗扎仓。
扎仓的主持人藏语称作堪布，一般须由考取“格西”学们的喇嘛，并经西藏地方政府任命才能充当。堪布主管该扎仓的行政、教务和财务，任期三年，期满退职后仍留在扎仓内，享有一定的荣誉，并可依年资候升。堪布以下有辅佐堪布的拉彰强佐一人，以及管理扎仓产业、接待施主、负责对外联络的强佑数人。还设格贵（俗称铁棒喇嘛）一人，负责约束僧众纪律，惩治犯戒僧人，处理纠纷。此外，政治家负责领诵经文的翁哉和主管僧众学经、辩经和学位考试的雄来巴。
管理全寺的最高一级机构是喇吉，由首席委员一人和若干名委员组成，下设分管寺院庄园、财产、财务等僧官数名，格贵二人，翁哉一人。
１８世纪，西藏地方出现两个政教合一的地方政权，一是以达赖喇嘛为首的噶厦地方政府；一是以班禅喇嘛为首的堪布会议厅，管称堪厅。两者都归清朝政府直接领导。
堪布会议厅的最高首领是班禅在师，由其总理后藏政教大权。其下是堪厅首席长官扎萨喇嘛，员额二人，代表圹禅大师理政。班禅大师和堪厅扎萨喇嘛也是札什伦布寺的最高领导，堪厅的高级僧官是札寺喇吉的当然委员。从本世纪６０年代起，西藏开始实行民主改革，根据十世班禅大师的主张，西藏各大寺庙建立了民主管理委员会，管理各寺事务。民主管理委员会的正、副主任由全寺喇嘛民主选举，任期一般为三年。委员会下设文物组、宗教组、财政组、保卫组、生产组，分管寺内的政教事务。
西藏寺庙都自成体系，宗寺以下有若干支寺，这些支寺归宗寺管辖，札什伦布寺的属寺遍布后藏规模较大的有彭林寺、拉孜寺、昂仁寺、安贡寺。 格鲁派极重仪规，举行宗教仪式时，僧人的冠服及所持法器皆有定规 寺内高僧的住所之一 札什伦布寺民主管理委员会的会客室
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